Roseto
Prima del roseto è una piccola statua del Santo (immagine) sulla quale nidificano le tortorelle tanto care al Poverello. Nei pressi è anche un monumento con il Santo che si rivolge ad una pecorella. 
Per giungere alla Cappella delle Rose si passa a fianco del Roseto. 
Sono rose senza spine. Il Roseto è direttamente collegato con la vita del Santo: quando ebbe la tentazione e per sfuggire da essa si gettò senza panni su un grosso cespuglio di rovi. Il sangue che fuoriusciva dal corpo martorizzato fece crescere delle rose, senza spine appunto.


La Cappella delle Rose
 
Fu fatta costruire sul luogo ove sorgeva il giaciglio di San Francesco.
Le pareti sono state affrescate (nel Cinquecento) da uno degli artisti più conosciuti del tempo: Tiberio d'Assisi.
La cappella è stata recentemente restaurata ed il colore è riemerso.
Grotta di San Francesco 
 
 
Qui vi è una statuetta e alcuni tronchi di albero di epoca francescana. 
Cappella del Pianto 
 
 

Il Museo del Santuario

All'interno del complesso è anche il Museo del Santuario ove sono conservate opere d'arte di estremo valore.

 
Crocifisso  (di Giunta Pisano) 
 
San Francesco (di Cimabue)
 

Il Vecchio Convento 

Qui vi sono le celle dei primi frati parzialmente arredate (è qui la cella di S. Bernardino). 
Di notevole interesse è la piccola stanza detta del "fuoco comune". 
Annerita dalle lampade e dal tempo, era antico luogo di preghiera. 
Vi è anche una Biblioteca. Essa è annessa al Convento ed è una delle maggiori della Regione. 

Assieme all'Archivio conserva antichi documenti, volumi e manoscritti di carattere francescano.