Interno della Basilica
È a tre navate più le cappelle laterali. 
Si presenta in maniera semplice ed elegante; pochi i fregi, poche le decorazioni (al tempo della costruzione si era nel periodo della Riforma della Chiesa). 
Più tardi si passò al appesantire con qualche stucco le cappelle laterali la cui spesa venne partecipata dalle famiglie nobili di Assisi. 
Alcuni terremoti mutilarono notevolmente l'edificio; come si è detto quello del 1832 sconquassò la struttura.
Alla fine degli anni Sessanta venne rifatta la pavimentazione all'interno della Basilica e costruita la cripta sotto al coro e all'altare.

La Cappella del Transito 

Dopo la Cappella della Porziuncola riveste estrema importanza quella del Transito. 
Vi morì il Poverello, la sera del 3 ottobre 1226, attorniato dai suoi confratelli più cari. 
Al tempo del primo insediamento francescano, pur nella ristrettezza delle misure, essa serviva da infermeria. 
Sembra che la porticina che si apre lateralmente sia originaria, risalente al tempo di S. Francesco. 
All'interno vi sono affreschi di Giovanni Spagna raffiguranti i compagni del Poverello. I nomi sono riportati sopra la testa di ognuno. 

Sull'altare vi è una Statua del Santo, opera di Andrea Della Robbia (fine secolo XV) in terracotta. 
 
Abside
 
Il progetto che prevedeva un'abside quadrata fu sostituito e ne venne edificata una a pianta semicircolare.
Di recente il presbiterio è stato sopraelevato per consentire l'apertura della cripta.
Ciò che nell'abside viene esaltato è il Coro ligneo, iniziato nel 1689 e portato a compimento soltanto dai frati sotto l'attenta guida di fra Luigi da Selci. È in legno di noce.
Al centro primeggia, l'altare papale opera dell'architetto Apolonj-Ghetti con bassorilievi di E. Manfrini.

La Cripta 

È stata ricavata di recente per porre in rilievo i resti delle più antiche costruzioni francescane ivi esistenti. 

Le vetrate sono di Alberto Farina; l'altare è stato scolpito dall'artista assisano Francesco Prosperi. 
 

Tabernacolo Robbiano 

Si tratta di un polittico in terracotta smaltata modellato da Andrea Della Robbia. Al centro della parte superiore è l 'Incoronazione della Madonna; alla sinistra San Francesco riceve le stimmate; a destra San Girolamo. In basso, da sinistra: l'Annunciazione alla Madonna, la Nascita di Gesù nella grotta di Betlemme e la Visita dei Re Magi. 

La Sagrestia

Eccellente è il lavoro in legno eseguito dai francescani nella Sagrestia.
L'opera è di fra Giacomo da Borgo San Sepolcro ed è stata portata a compimento con enorme maestria nella seconda metà del XVII secolo.
Di ottima fattura anche il soffitto, restaurato negli anni Quaranta.